引发手足口病的肠道病毒有20多种，主要为：
1、柯萨奇病毒（CoxV），为A和B两组。A组包括16、4、5、7、9、10型，B组包括2、5、13型；
2、肠道病毒71型（(Enterovirus71，EV71），EV71又分为A、B、C三个基因型。A型为原型株BrCr-CA-70；B型和C型又可进一步细分为B1、B2、B3、B4以及C1、C2、C3和C4亚型，近年来在中国大陆流行的EV71主要是C4亚型；
3、埃可病毒（EchoV），以柯萨奇病毒A16型（CoxA16）最为常见。
因此，引起手足口病的肠道病毒不但种类多，而且型别较多。