婴儿食物过敏的主要有以下三个原因：婴儿肠道屏障功能尚未成熟；婴儿胃肠道的免疫水平低；婴儿肠道菌群的变化可能导致食物过敏。
婴儿肠道屏障功能尚未成熟
人类肠道常时间接触大量的细菌，病毒和食物中的各种物质，会对人体造成伤害。正常情况下，肠粘膜屏障能有效防止有害物质进入生物体。研究证实，婴儿肠道屏障功能尚未成熟，大分子更容易被小肠吸收，从而导致过敏。
婴儿胃肠道局部免疫水平低
肠道的分泌的免疫球蛋白，可以保护胃肠免疫。这个已被证明，分泌型免疫球蛋白A与肠腔抗原复合物的形成和抑制抗原摄取。婴儿肠道分泌型免疫球蛋白A含量相对较低，能使大分子转移增加，这是婴儿容易食物过敏的原因之一。
婴儿肠道菌群的变化可能导致食物过敏
婴儿肠道菌群的组成动态变化的过程，随着婴儿的成长和发展，肠道双歧杆菌和乳酸杆菌数量会增加，并降低大肠杆菌数量。双歧杆菌，乳杆菌是一种益生菌，通过免疫抑制，免疫调节和免疫清除，抗感染，抗过敏作用的发挥。喂养方式和其他许多因素可影响婴儿肠道正常菌群的建立，和肠道菌群的组成和数量的变化，可使婴儿通常无害的食物蛋白抗原缺乏，导致过敏反应。