1.容易被感染

水中分娩最大的缺点就是容易被感染。分娩时生成的分泌物或被污染的水，容易带给产妇和婴儿致命的危险。如果羊膜破水，或者温水被汗染，就应该马上换上干净的水。

2.费用昂贵

由于水中分娩需使用浴池、消毒设施、无菌系统、水质、温度管理，因此水中分娩费用比较昂贵。

3.很难监测胎儿的心跳情况

在水中分娩时，很难安装测量胎儿心跳和孕妇子宫收缩程度的仪器，使得持续监测孕妇或胎儿的状态有难度，当出现危险时会很难监测诊断出来。