(1)对胚胎的影响：在生殖细胞形成(配子发生至受精)过程中，当有害因素具有亲性腺作用时，可直接对生殖细胞(配子)产生影响。影响精子的生成及卵子的发育，或引起遗传损伤，使生殖细胞减数分裂的染色体在数目和结构上发生改变，即导致遗传突变。结果可抑制受精，造成不孕，或使受精卵发育异常而影响着床，导致发生未被觉察的流产。如胚泡着床，则可影响胚胎的发育，致胚胎死亡而自然流产，或胚胎发育异常而生出有缺陷的婴儿。据报道，多数的异常妊娠，包括95％伴有染色体异常的妊娠，很少可持续到妊娠终期，而多半以自然流产告终。有报道，自然流产中，畸形或其他先天异常较活产可高60倍以上。
在妊娠后阶段，胚胎的不同时期受影响程度不一样。动物实验表明，受精后，在卵细胞分裂过程中，有害因素可以对胚胎的发生产生影响，超过一定阈值以上的物理、化学因素可引起胚芽死亡，但此阶段对致畸不敏感。
受精后第3周进入胚胎期，此时期为各主要器官系统的形成期，3个胚层各自生成若干特定的组织和器官。一般说来，至受精后约9周，亦即妊娠第3个月初，除生殖器官尚未分化完毕，外观形态上已形成完整的个体。器官形成期这一阶段对致畸作用的感受性最强，受有害因素影响，易引起畸形或流产。
自妊娠的第3个月初至妊娠终了的胎儿期阶段，器官分化已基本完成，随妊娠月数的增加，对致畸的敏感性逐渐下降，当受有害因素影响时，一般不引起畸胎。但此时期，生殖器官的分化尚未完成，中枢神经系统仍在继续分化，故对此类少数器官仍有可能出现形态学上的异常。此时期受到有害因素的影响，可导致流产，但主要可导致生长发育迟缓，出生低体重儿或生后行为发育异常。